原發性肝癌屬惡性腫瘤，其發生和發展的自然病程可分為4個階段:
(1)早期:由癌的開始發生到亞臨床肝癌診斷成立，一般約10個月的時間。此期可無任何癥狀，影像學檢查也常無任何表現，故患者和醫生都難以發現。
(2)亞臨床期:進入此期的經過，一般又約為10個月，常由影像學或AFP檢查發現。亞臨床期肝癌完全無癥狀，也缺乏腫瘤特異性的體征，有些病例可能出現慢性肝病的表現。常在慢性肝病的隨訪或普查中檢測AFP或影像學檢查發現。
(3)中期:由出現癥狀到發生黃疸、腹水或遠處轉移，大約需要4個月的時間。除具有原來慢性肝病的癥狀和體征外，可出現肝區疼痛、消瘦、黃疸、發熱，查體有肝腫大、質硬、表面不光滑，并有壓痛、“叩擊痛等。
(4)晚期:由出現癥狀或發生遠處轉移到死亡，大約兩個月。肝癌總的病程約兩年半的時間，其中有兩年時間都可能沒有癥狀，而一旦出現癥狀一般就只有半年的存活時間了。晚期的癥狀體征類似中期表現，但更嚴重，如肝痛更明顯，常呈針刺樣，有時不能忍受，肝大而質硬，表面呈結節狀。伴有消瘦、惡液質等。
