急性甲、戊型肝炎可根據患者血清中抗HAV-IgM和抗HEV抗體陽性確診。丙型肝炎可根據血清或肝內HCVRNA或抗HCV抗體陽性確診。
乙型肝炎病毒有三種抗原，分別是乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝核心抗原（HBcAg）和乙肝e抗原（HBeAg）。他們在人體內可引起機體產生相應的抗體，即乙肝表面抗體（抗-HBs）、乙肝核心抗體（抗-HBc）和乙肝e抗體（抗-HBe）。這些抗原和抗體可用于乙型肝炎病毒感染的診斷標志。但由于用一般的方法在血清中很難檢測到HBcAg，所以多數醫院只檢測HBsAg和抗-HBs、HBeAg和抗-HBe、抗-HBc（即乙肝“兩對半”或乙肝五項）。
HBsAg為病毒的包膜，其刺激機體產生的抗體（抗-HBs）是一種中和抗體，可中和并清除乙型肝炎病毒，是機體免疫功能戰勝乙型肝炎病毒的主要武器。HBeAg與病毒復制的成熟有關，常表示體內有完整的病毒顆粒（Dane顆粒）存在，具有傳染性。同時，HBeAg又是在HBV復制過程中產生的副產品，因此，血清中的HBeAg也是病毒復制的標志。DNA的存在是HBV復制的可靠指標，DNA多聚酶在病毒復制過程中起反轉錄酶的作用，抑制DNA多聚酶的藥物，可直接抑制HBV的復制，使HBVDNA陰轉。
乙型肝炎可根據HBsAg、HBeAg、抗HBc和HBV-DNA中的任何一項陽性即可診斷為現癥HBV感染。如在HBV感染同時或以后的血清中檢測出抗HDV抗體或HDVAg或HDV-RNA，可診斷為丁型肝炎感染。
